地球観測データの効果的な統融合と分野間の連携によって、地球環境変動の理解、予測、対応策におけるブレークスルーとなる研究成果を世界に発信するという目的の下、研究開発における協働をプロジェクト的に実現するとともに、人材の育成にも尽力する。ただし、本機構での連携研究による成果は、参加教員の各部局での教育研究職務の効果的な実現に供するものであり、参加教員の部局での教育研究職務を基盤として、連携組織での職務がアサインされる。

発足に当たって連携組織は、以下のようになる。

1. 統融合コアシステムの先導的開発の開発拠点
   • 生産技術研究所
2. オントロジーレジストリシステムの開発の開発拠点
• 空間情報科学研究センター
3. 統融合情報の高度適用技術の開発の開発拠点
   • 工学系研究科
   • 農学生命科学研究科
   • 気候システム研究センター
   • 海洋研究所